PhD. program

Biomedicínske centrum SAV spolupracuje najmä s fakultami slovenských univerzít v oblasti doktorandského štúdia, pričom je akreditovanou externou vzdelávacou inštitúciou pre nasledujúce vedné odbory doktorandského štúdia:

Lekárska fakulta
Univerzity Komenského v Bratislave
7.1.3 normálna a patologická fyziológia
7.1.15 onkológia
Prírodovedecká fakulta
Univerzity Komenského v Bratislave
4.2.3 molekulárna biológia
4.2.4 genetika
4.2.7 mikrobiológia
4.2.10 fyziológia živočíchov
4.2.13 virológia
Fakulta chemickej a potravinárskej technológie
Slovenskej technickej univerzity v Bratislave
4.1.22 biochémia
Univerzita veterinárskeho lekárstva a farmácie v Košiciach4.2.7 mikrobiológia
4.2.13 virológia
Prírodovedecká fakulta
Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach
4.2.10 fyziológia živočíchov

Témy doktorandského štúdia v BMC SAV vypísané pre akademický rok 2020/2021

Lekárska fakulta Univerzity Komenského v Bratislave

Termín na podávanie prihlášok: do 30. 6. 2020

Viac informácií o prijímacom konaní na stránke fakulty tu.

Študijný program: onkológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Vzťah medzi štruktúrou a biologickou aktivitou novosyntetizovaných derivátov tymolu na in vitro modeli čreva.
Školiteľ: RNDr. Katarína Kozics, PhD.
Email: katarina.kozics@gmail.com
Kľúčové slová: Deriváty tymolu, črevný model in vitro, sféroidy, biologická aktivita
Anotácia: Priaznivé účinky tymolu (TY), prírodného monoterpén fenolu z oleja tymiánu, na ľudské zdravie sú známe mnoho rokov. Projekt sa zameriava na syntézu hydrofilných derivátov TY pri zachovaní ich antioxidačných a/alebo antiproliferačných vlastností a efektívnom prenikaní do buniek. Využitie širokej škály biochemických, biologických a molekulárno-genetických prístupov a meraní bude slúžiť na objektívne posúdenie biologických vlastností týchto derivátov v závislosti od ich molekulárnej štruktúry. Projekt prispeje k objasneniu molekulárnych a bunkových mechanizmov pôsobenia hydrofilných derivátov TY. Biologická aktivita TY derivátov bude sledovaná na 2D, ako aj 3D (sféroidy) bunkových črevných modeloch, ktoré lepšie zodpovedajú in vivo podmienkam.

Študijný program: onkológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Stanovenie biologickej bezpečnosti inovatívnych nanokompozitov s potenciálnou aplikáciou v regeneratívnej medicíne.
Školiteľ: RNDr. Monika Šramková, PhD.
Email: monika.sramkova@savba.sk
Kľúčové slová: Nanogél, biologická bezpečnosť, biomedicína
Anotácia: Vývoj nových terapeuticky aktívnych ochranných prostriedkov na rany, ktoré poskytujú nielen krytie poranenia, ale podporujú aj samotný liečebný proces, má významný potenciál pre klinické aplikácie. Cieľom práce bude posúdenie biologickej bezpečnosti pripravovaných inovatívnych nanohydrogélov v podmienkach in vitro a in vivo. Nanogél integruje ochranné (nanohydrogél) a liečivé funkcie (nanočastice oxidu železitého a cielená miRNA) v rámci jednej nanokompozitnej inteligentnej štruktúry; a detailná charakterizácia nano:bio interakcií prispeje k objasneniu mechanizmov účinku nanogélov v biologickom systéme.

Študijný program: onkológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Vplyv mikrovlnného žiarenia a nízkych dávok ionizujúceho žiarenia na hematopoetické bunky.
Školiteľ: doc. Ing. Igor Beliaev, DrSc.
Email: Igor.beliaev@savba.sk
Kľúčové slová: Mikrovlnné žiarenia, ionizujúce žiarenia, DNA poškodenie, apoptóza, ROS, prietoková cytometria
Anotácia: Vplyv mikrovlnného žiarenia mobilných telefónov a nízkych dávok ionizujúceho žiarenia na ľudský organizmus nie je zatiaľ plne preskúmaný. Budeme študovať DNA poškodenie, ROS a apoptózu v hematopoetických bunkách izolovaných z pupočníkovej krvi, s dôrazom na hematopoetické kmeňové a progenitorové bunky, keďže sú to bunky zodpovedné za vznik leukémie. Cieľom práce bude charakterizovať citlivosť rôznych subpopulácií hematopoetických kmeňových a progenitorových buniek voči ovplyvneniu mikrovlnným žiarením mobilných telefónov a nízkym dávkam ionizujúceho žiarenia.

Študijný program: onkológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Biomarkery individuálnej rádiosenzitivity v odpovedi na ionizačné žiarenie v liečbe nádorov a diagnostike.
Školiteľ: RNDr. Eva Marková, CSc.
Email: eva.markova@savba.sk
Kľúčové slová: Individuálna rádiosenzitivita, biomarkery, nádory prsníka, DNA oprava, apoptóza, chromozomálne aberácie
Anotácia: Mnoho pacientov sa podrobuje rádioterapii a diagnostike na základe aplikácie ionizujúceho žiarenia. Vážne vedľajšie účinky rádioterapie však môžu byť prekážkou optimálnej individuálnej liečby pacientov s rakovinou a absorbovaná dávka počas diagnostiky môže byť spojená s rizikami rakoviny. V súčasnosti predstavuje vývoj vhodných biomarkerov na stanovenie individuálnej rádiosenzitivity významný podiel vo výskume a úspešnej liečbe rakoviny prsníka. Predpokladá sa, že kombinácia niekoľkých testov odozvy na žiarenie môže zahŕňať mnoho procesov spojených s vedľajšími účinkami. Vo vzorkách krvi sa budú študovať biomarkery DNA opravy, apoptózy a chromozomálnej rádiosenzitivity pomocou relevantných metód vrátane apoptózovej analýzy (analýza RILA), analýzy fokusov opravy DNA a chromozomálnych aberácií na sofistikovaných prístrojoch Metafer a Image Stream. Nežiaduce účinky a klinické údaje budú korelované s biomarkermi radiačnej odpovede. Biomarkery, ktoré počas liečby a diagnostiky budú korelovať s vedľajšími účinkami a absorbovanou dávkou, sa môžu odporučiť na posúdenie individuálnej rádiosenzitivity a optimalizáciu rádioterapie.

Študijný program: onkológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Vývoj nového diagnostického a prediktívneho imunofenotypizačného nástroja pre hematologické malignity.
Školiteľ: RNDr. Jana Jakubíková, PhD.
Email: jana.jakubikova@savba.sk
Kľúčové slová: Hematologické malignity, imunofenotypizácia, hmotnostná cytometria
Anotácia: Imunofenotypizácia je v súčasnosti jedným zo základných pilierov diagnostiky, klasifikácie, stagingu a monitorovania hematologických malignít, ako sú leukémie a lymfómy. V tejto štúdii využijeme výhody novej vysokodimenzionálnej technológie hmotnostnej cytometrie na vyvinutie nového diagnostického a prediktívneho nástroja s komplexnou multidimenzionálnou imunofenotypizáciou a profilovaním celkového imunitného systému v diagnostike, klasifikácii, stagingu a monitorovaní terapeutickej odpovede u pacientov s leukémiou, lymfómom a mnohopočetným myelómom.

Študijný program: onkológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Modelovanie interakcií nádoru a strómy u karcinómu prsníka a objasnenie ich vplyvu na progresiu a rezistenciu nádoru.
Školiteľ: Mgr. Svetlana Miklíková, PhD.
Email: svetlana.miklikova@savba.sk
Kľúčové slová: Karcinóm prsníka, mikroprostredie, rezistencia, PDX modely
Anotácia: Karcinóm prsníka predstavuje jednu z najčastejších onkologických diagnóz u žien. Napriek jej dobrej klasifikácii do jednotlivých molekulárnych subtypov, iba obmedzená časť pacientov dobre reaguje na zvolenú terapiu. Pochopenie komplexných dynamických dejov v rámci nádorového mikroprostredia je potrebné pre identifikáciu pacientov, ktorí budú alebo nebudú na zvolenú terapiu odpovedať. Úlohou tohto projektu preto bude integrácia dát z rozličných modelových systémov, klinických štúdií a molekulárnych analýz s cieľom identifikácie kľúčových mechanizmov nádorovej progresie a vzniku rezistencie.

Študijný program: normálna a patologická fyziológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Zmeny parametrov energetického metabolizmu u pacientov so sklerózou multiplex.
Školiteľ: MUDr. Žofia Rádiková, PhD.
Email: zofia.radikova@savba.sk
Kľúčové slová: Skleróza multiplex, glukózový metabolizmus, lipidový metabolizmus
Anotácia: Skleróza multiplex je chronické zápalové demyelinizačné ochorenie centrálneho nervového systému. Na jeho patogenéze sa podieľajú zápalová a vaskulárna zložka, ale v posledných rokoch sa skúma aj úloha energetického metabolizmu (hlavne metabolizmu glukózy a lipidov) v neurodegeneratívnom procese.
Výskum v rámci dizertačnej práce bude zameraný na stanovenie možných príčin zmien parametrov sacharidového a lipidového metabolizmu, ako aj na ich vplyv na funkciu mitochondrií, endotelovú funkciu, funkciu autonómneho nervového systému a reaktivitu imunitných buniek u pacientov so sklerózou multiplex.

Študijný program: normálna a patologická fyziológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Kardiovaskulárne a metabolické rizikové faktory u pacientov s chronickým zápalom.
Školiteľ: MUDr. Miroslav Vlček, PhD.
Email: miroslav.vlcek@savba.sk
Kľúčové slová: Skleróza multiplex, GLP-1, inzulínová rezistencia
Anotácia: Glukagónu podobný peptid 1 (GLP-1) je inkretín významne ovplyvňujúci sekréciu inzulínu a metabolizmus glukózy, využívaný v terapii diabetes mellitus 2. typu. Okrem toho sa popisuje aj jeho neuroprotektívny, neurotrofný a protizápalový účinok. Skleróza multiplex (SM) je chronické zápalové demyelinizačné a neurodegeneratívne ochorenie centrálneho nervového systému.
Cieľom štúdie je overenie účinnosti doplnkovej liečby GLP-1 analógmi u pacientov so SM pri spomalení progresie základného ochorenia.

Študijný program: normálna a patologická fyziológia
Forma štúdia: denná + externá
Názov práce: Účinky pravidelného cvičenia na metabolizmus, fyzickú zdatnosť, kognitívne funkcie a štrukturálne charakteristiky mozgu: molekulárna fyziológia zdravého starnutia.
Školiteľ: Mgr. Jozef Ukropec, DrSc.
Email: Jozef.ukropec@savba.sk
Kľúčové slová: Pravidelné cvičenie, zdravé starnutie, kostrový sval, metabolizmus, primárne ľudské svalové bunky, štruktúra mozgu, kognitívne schopnosti, kultúry neurónov
Anotácia: Pravidelné cvičenie je efektívne v prevencii a liečbe chronických ochorení a podporuje zdravé starnutie. V práci sa budeme zaoberať mechanizmami adaptačných procesov spojených s pravidelným cvičením, a to ako na systémovej úrovni (celý organizmus), tak aj špecificky v kostrovom svale (kľúčový orgán pohybu) a v mozgu (kognitívne procesy/pamäť). Predpokladáme, že bioaktívne molekuly uvoľňované z kostrového svalu pri cvičení dokážu okrem zlepšenia integrity a funkčnej kapacity svalu, modulovať aj funkčné a štrukturálne charakteristiky mozgu. Mechanizmy adaptačných účinkov cvičenia budeme študovať na modeloch buniek ľudského svalu a kultúr neurónov a výsledky budeme interpretovať vo vzťahu k účinkom dlhodobej tréningovej intervencie u seniorov s poruchami kognitívnych funkcií vrátane cvičením navodených zmien v štruktúre a funkčnej kapacite mozgu.

Študijný program: normálna a patologická fyziológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Metabolická liečba zlyhávania srdca: účinok na metabolizmus a morfológiu myocytov.
Školiteľ: RNDr. Michal Cagalinec, PhD.
Email: Michal.cagalinec@savba.sk
Kľúčové slová: Zlyhanie srdca, metabolická terapia, kardiomyocyty, ultraštruktúra, vápnikový metabolizmus, kontraktilita
Anotácia: Zlyhanie srdca (HF) je hlavnou príčinou úmrtí na svete, sprevádzané poruchami energetického metabolizmu, morfologickými a funkčnými zmenami. Metabolická terapia dvoma vitamínmi skupiny B bola schopná zlepšiť túto situáciu čo sa týka mitochondriálneho metabolizmu. Nie je však jasné, aká účinná je táto terapia v prípade funkčnej a morfologickej remodelácie myocytov. Ciele dizertačnej práce: 1. analýza morfologických (bunkových alebo ultraštruktúrnych) a 2. funkčných (metabolizmus vápnika, kontraktilita) parametrov myocytov ľavej komory z experimentálneho modelu HF (podviazanie aorty u myší).

Študijný program: normálna a patologická fyziológia
Forma štúdia: denná + externá
Názov práce: Klinické, genetické a biochemické aspekty diabetes mellitus u detí
Školiteľ: doc. MUDr. Juraj Staník, PhD.
Email: juraj.staník@savba.sk
Kľúčové slová: Diabetes mellitus, diagnostické kritériá, genotyp-fenotyp
Anotácia: Diabetes mellitus je heterogénna skupina ochorení charakterizovaných chronickou hyperglykémiou. U detí ide o diabetes 1. typu, ale aj o niektoré špecifické formy vrátane monogénového diabetu. Viaceré klinické a genetické aspekty týchto ochorení sú doposiaľ nejasné – vrátane niektorých klinických čŕt používaných na ich klinickú identifikáciu, ako aj vzťah genotyp-fenotyp pri niektorých formách monogénového diabetu. Vychádzať sa bude už z existujúcej databázy detí s diabetes mellitus a monogénovými formami ochorenia, ktorá obsahuje údaje od viac ako 1500 ľudí.


Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave

Termín na podávanie prihlášok: do 31. 5. 2020

Viac informácií o prijímacom konaní na stránke fakulty tu.

Viac informácií k prihláške nájdete tu.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Úloha endogénnej produkcie sirovodíka pri raste solidných nádorov.
Školiteľ: prof. Ing. Oľga Križanová, DrSc.
Email: olga.krizanova@savba.sk
Kľúčové slová: Sirovodík, kolorektálne karcinómy, apoptóza
Anotácia: Dizertačná práca bude zameraná na sledovanie úlohy troch enzýmov, ktoré v bunke produkujú sirovodík, pri vzniku a raste vybraných solidných nádorov, hlavne však kolorektálnych karcinómov. Tiež sa budeme snažiť zistiť, či sirovodík pridávaný z vonkajšieho prostredia je schopný ovplyvniť, resp. nahradiť funkciu týchto enzýmov.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Mechanizmy chemorezistencie malignít urogenitálneho traktu a ich modulácia.
Školiteľ: RNDr. Dana Jurkovičová, PhD.
Email: dana.jurkovicova@savba.sk
Kľúčové slová: Urogenitálne malignity, chemorezistencia, transkripčná/post-transkripčná regulácia, biomarkery
Anotácia: Úlohou v rámci tejto PhD. témy bude preštudovať a pochopiť mechanizmy, ktoré sa podieľajú na vzniku a rozvoji urogenitálnych malignít, ich rezistencie na chemoterapeutickú liečbu a faktory, ktoré tieto mechanizmy modulujú. Medzi hlavné ciele bude patriť identifikácia kľúčových mechanizmov patogenézy týchto ochorení a ich najvýznamnejších genetických a epigenetických modulátorov, ktoré sa môžu stať novými diagnostickými a prognostickými biomarkermi a/alebo môžu byť potenciálnymi novými miestami cielenej terapie.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Zmeny parametrov energetického metabolizmu pri chronickom zápale nervového systému.
Školiteľ: MUDr. Žofia Rádiková, PhD.
Email: zofia.radikova@savba.sk
Kľúčové slová: Skleróza multiplex, glukózový metabolizmus, lipidový metabolizmus
Anotácia: Skleróza multiplex je chronické zápalové demyelinizačné ochorenie centrálneho nervového systému. Na jeho patogenéze sa podieľajú zápalová a vaskulárna zložka, ale v posledných rokoch sa skúma aj úloha energetického metabolizmu (hlavne metabolizmu glukózy a lipidov) v neurodegeneratívnom procese.
Výskum v rámci dizertačnej práce bude zameraný na stanovenie možných príčin zmien parametrov sacharidového a lipidového metabolizmu, ako aj na ich vplyv na funkciu mitochondrií, endotelovú funkciu, funkciu autonómneho nervového systému a reaktivitu imunitných buniek u pacientov so sklerózou multiplex.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná + externá
Názov práce: Molekulárna fyziológia účinkov aeróbne-silového tréningu u pacientov s vyliečeným onkologickým ochorením
Školiteľ: Mgr. Jozef Ukropec, DrSc.
Email: Jozef.ukropec@savba.sk
Kľúčové slová: Testikulárne germinatívne nádory, pravidelné cvičenie, neskorá toxicita chemoterapie, kostrový sval, metabolizmus, primárne ľudské svalové bunky, inzulínová senzitivita
Anotácia: Pravidelné cvičenie je efektívne v prevencii a liečbe chronických ochorení. U vyliečených onkologických pacientov sa prítomnosť chronických metabolických ochorení často spája s neskorou toxicitou chemoterapie, ktoré/ú môže cvičením navodené zvýšenie zdatnosti významne zmierniť. V klinickej praxi sa však o zdatnosti pacienta uvažuje len okrajovo. V práci sa budeme zaoberať mechanizmami synchronizácie adaptačných procesov spojených s pravidelným cvičením, ktoré sú regulované bioaktívnymi molekulami uvoľňovanými z kostrového svalu a okrem zlepšenia integrity a funkčnej kapacity svalu, pôsobia aj systémovo. Mechanizmy adaptačných účinkov a metabolizmus budeme študovať aj na modeli ľudských svalových buniek in vitro a výsledky budeme interpretovať vo vzťahu s účinkami tréningovej intervencie u vyliečených onkologických pacientov.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná + externá
Názov práce: Úloha kostrového svalu v systémovej adaptácii na cvičenie u človeka: epigenetické mechanizmy a molekulárne mediátory.
Školiteľ: doc. MUDr. Barbara Ukropcová, PhD.
Email: barbara.ukropcova@savba.sk
Kľúčové slová: Pravidelné cvičenie, zdravé starnutie, kostrový sval, metabolizmus, primárne ľudské svalové bunky, epigenetické mechanizmy
Anotácia: Pravidelné cvičenie je efektívne v prevencii a liečbe chronických ochorení a podporuje zdravé starnutie. Zameriame sa na výskum integrácie adaptačnej odpovede na cvičenie prostredníctvom molekúl, uvoľňovaných zo svalu prípadne z iných tkanív pri cvičení. Predpokladáme, že tieto molekuly dokážu modulovať aj funkčné a štrukturálne charakteristiky iných tkanív, vrátane mozgu. Mechanizmy adaptačných účinkov cvičenia budeme študovať v cirkulácii, likvore a v kostrovom svale in vivo (MR spektroskopia), ex vivo (biopsia) a in vitro, na primárnych ľudských bunkách svalu. Výsledky budeme interpretovať vo vzťahu k metabolizmu, zdatnosti, kognitívnym funkciám a volumetrii mozgu (MRI) a k ich zmenám, navodeným jednorazovým a pravidelným cvičením.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Metabolická liečba zlyhávania srdca: účinok na metabolizmus a morfológiu myocytov.
Školiteľ: RNDr. Michal Cagalinec, PhD.
Email: Michal.cagalinec@savba.sk
Kľúčové slová: Zlyhanie srdca, metabolická terapia, kardiomyocyty, ultraštruktúra, vápnikový metabolizmus, kontraktilita
Anotácia: Zlyhávanie srdca (HF) je hlavnou príčinou úmrtí na svete, sprevádzané poruchami energetického metabolizmu, morfologickými a funkčnými zmenami. Metabolická terapia dvoma vitamínmi skupiny B bola schopná zlepšiť túto situáciu čo sa týka mitochondriálneho metabolizmu. Nie je však jasné, aká účinná je táto terapia v prípade funkčnej a morfologickej remodelácie myocytov. Ciele dizertačnej práce: 1. analýza morfologických (bunkových alebo ultraštruktúrnych) a 2. funkčných (metabolizmus vápnika, kontraktilita) parametrov myocytov ľavej komory z experimentálneho modelu HF (podviazanie aorty u myší).

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Neurobiologický podklad psychických porúch: hormonálne dysregulácie.
Školiteľ: RNDr. Nataša Hlaváčová, PhD.
Email: natasa.hlavacova@savba.sk
Kľúčové slová: Psychické poruchy, neuroendokrinný systém, stres, animálne modely
Anotácia: Dizertačná práca bude zamerané na štúdium regulačných mechanizmov uplatňujúcich sa v rozvoji psychických porúch, predovšetkým depresie a schizofrénie. Výskum sa bude vykonávať v sledovaniach u ľudí aj zvierat s cieľom nájsť nové poznatky pre lepšiu prevenciu a liečbu psychických porúch. Dôraz sa bude klásť na odhaľovanie atypických účinkov hormónov, ako aldosterónu, oxytocínu, kopeptínu, testosterónu. Popri neuroendokrinných mechanizmoch a netradičných účinkoch hormónov na psychické funkcie sa budú sledovať ukazovatele mozgovej plasticity a neurogenézy, ktorých zmeny sa podieľajú na rozvoji psychických porúch.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Funkcia inzulínom-regulovanej aminopeptidázy vo vývoji metabolického syndrómu.
Školiteľ: Ing. Katarína Kršková, PhD.
Email: katarina.krskova@savba.sk
Kľúčové slová: Inzulínová rezistencia, obezita, adipogenéza, oxytocín, oxytocináza
Anotácia: Inzulínom-regulovaná aminopeptidáza (oxytocináza), IRAP, zabezpečuje v tukovom tkanive a kostrovom svale transport glukózy do buniek. Na druhej strane však svojou extracelulárnou aminopeptidázovou aktivitou degraduje oxytocín, ktorý popri svojich klasických účinkoch môže mať aj pozitívne metabolické (antiobézne a antidiabetické) účinky.
Cieľom práce je preskúmať úlohu IRAP v rôznych subtypoch tukového tkaniva a kostrovom svale in vivo u obéznych potkanov, ako aj objasniť mechanizmy účinku oxytocínu in vitro v kultúre primárnych potkaních adipocytov so zameraním sa na inzulínovú dráhu a moduláciu diferenciácie adipocytov. Pre tento účel sa bude sledovať aj vplyv inhibície aktivity IRAP na metabolizmus glukózy, a tiež účinok aplikácie selektívnych analógov oxytocínu na antiobézne a antidiabetické pôsobenie in vitro aj in vivo.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Regulácia diferenciácie preadipocytov a metabolizmu adipocytov oxidačným stresom v potkanej a ľudskej bunkovej kultúre.
Školiteľ: Ing. Štefan Zorad, CSc.
Email: Stefan.zorad@savba.sk
Kľúčové slová: Adipogenéza, diabetes, tukové tkanivo, oxidačný stres, antioxidanty, obezita, inzulínová rezistencia
Anotácia: Základné molekulárne mechanizmy adipogenézy sú preskúmané takmer výlučne na myšacej línii preadipocytov 3T3-L1. Zaviedli sme vlastnú metodiku diferenciácie podkožných potkaních preadipocytov, ktorých diferenciáciu porovnáme s diferenciáciou komerčných ľudských podkožných preadipocytov a budeme sledovať vplyv prooxidantov a antioxidantov na proces adipogenézy. Preskúmame tiež primárne kultúry pripravené z podkožného tukového tkaniva obéznych a diabetických potkanov, ako aj inzulínom stimulovaný transport glukózy v dospelých potkaních i ľudských adipocytoch. Budeme sledovať aj vybrané inzulínové post-receptorové dráhy súvisiace s diferenciáciou, ako aj s účinkom reaktívnych foriem kyslíka. Veríme, že získané výsledky budú aplikovateľné aj v ľudskej populácii hlavne z pohľadu použitia antioxidantov pre zlepšenie zdravia.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Úlohy excitačných a inhibičných neurónov v autizme.
Školiteľ: RNDr. Ján Bakoš, PhD.
Email: j.bakos@savba.sk
Kľúčové slová: Postsynaptické proteíny, glutamát, GABA, oxytocín, vývin
Anotácia: Úlohy postsynaptických proteínov v excitačných a inhibičných neurónoch v skorých postnatálnych štádiách vývinu mozgu nie sú dostatočne známe. Patologické zmeny v tvorbe a distribúcii oxytocínu sa spájajú s autistickými ochoreniami. Cieľom je identifikácia postsynaptických adhéznych molekúl dôležitých pre tvorbu excitačných a inhibičných synapsií v neurónoch produkujúcich alebo distribujúcich oxytocín v mozgu. Plánuje sa použitie transgénneho myšieho model autizmu, imunohistologické hodnotenie postynaptických proteínov a analýza správania pre komplexné pochopenie mechanizmov vedúcich k neurovývinovým ochoreniam.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Pravidelná fyzická aktivita a jej vplyv na neuro-svalovú komunikáciu, benefity cvičenia pri Parkinsonovej chorobe.
Školiteľ: Mgr. Tímea Kurdiová, PhD.
Email: timea.kurdiova@savba.sk
Kľúčové slová: Cvičenie, kostrový sval, primárne ľudské svalové bunky, neurogenéza, Parkinsonova choroba, myokíny
Anotácia: Starnutie je charakterizované viacerými zmenami na úrovni kostrového svalu, ako aj nervového systému. Cvičenie je stimul, ktorý môže priebeh týchto zmien spomaliť a pôsobiť preventívne/terapeuticky pri chorobách asociovaných so starnutím ako je Parkisonova choroba (PCH). V rámci dizertečnej práce sa budú skúmať štruktúrálne a molekulárne zmeny na úrovni kostrového svalu u pacientov s PCH pred a po cvičení, s dôrazom na usporiadanie nervosvalovej platničky, ako aj účinok elektrickej pulznej stimulácie svalových buniek na fenotyp a sekrečnú aktivitu svalových buniek s potenciálom stimulovať neurogenézu.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Mechanizmy chemorezistencie malignít urogenitálneho traktu a ich modulácia.
Školiteľ: RNDr. Dana Jurkovičová, PhD.
Email: dana.jurkovicova@savba.sk
Kľúčové slová: Urogenitálne malignity, chemorezistencia, transkripčná/post-transkripčná regulácia, biomarkery
Anotácia: Úlohou v rámci tejto PhD. témy bude preštudovať a pochopiť mechanizmy, ktoré sa podieľajú na vzniku a rozvoji urogenitálnych malignít, ich rezistencie na chemoterapeutickú liečbu a faktory, ktoré tieto mechanizmy modulujú. Medzi hlavné ciele bude patriť identifikácia kľúčových mechanizmov patogenézy týchto ochorení a ich najvýznamnejších genetických a epigenetických modulátorov, ktoré sa môžu stať novými diagnostickými a prognostickými biomarkermi a/alebo môžu byť potenciálnymi novými miestami cielenej terapie.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Biologická bezpečnosť inovatívnych nanoliečiv s potenciálnou aplikáciou v regeneratívnej medicíne.
Školiteľ: RNDr. Monika Šramková, PhD.
Email: monika.sramkova@savba.sk
Kľúčové slová: Nanogél, biologická bezpečnosť, biomedicína
Anotácia: Vývoj nových terapeuticky aktívnych ochranných prostriedkov na rany, ktoré poskytujú nielen krytie poranenia, ale podporujú aj samotný liečebný proces, má významný potenciál pre klinické aplikácie. Cieľom práce bude posúdenie biologickej bezpečnosti pripravovaných inovatívnych nanohydrogélov v podmienkach in vitro a in vivo. Nanogél integruje ochranné (nanohydrogél) a liečivé funkcie (nanočastice oxidu železitého a cielená miRNA) v rámci jednej nanokompozitnej inteligentnej štruktúry; a detailná charakterizácia nano:bio interakcií prispeje k objasneniu mechanizmov účinku nanogélov v biologickom systéme.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Identifikácia génov regulujúcich apokrinnú sekréciu.
Školiteľ: RNDr. Robert Farkaš, CSc.
Email: ueenfark@savba.sk
Kľúčové slová: Apokrinná sekrécia, intracelulárny transport, mechanizmus externalizácie, genetický skríning, proteín-proteínové interakcie
Anotácia: Apokrinná sekrécia patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy zatiaľ nepoznáme žiadne proteíny resp. gény, ktoré regulujú tento proces. Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov, a preto nesie evolučne dôležité signatúrne znaky charakterizujúce túto veľkú systematickú skupinu. Z praktického hľadiska, poruchy apokrinnej sekrécie resp. apokrinných žliaz sú spojené s radom chronických diagnóz a nádorových ochorení. Cieľom nášho výskumu je identifikovať tieto molekulárne determinanty a odhaliť komponenty apokrinnej signálnej dráhy.
Ciele: Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov. Patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy. Cieľom výskumu je identifikovať molekulárne determinanty (gény a proteíny) kontrolujúce proces apokrinnej sekrécie a odhaliť komponenty tejto novej a zatiaľ neznámej signálnej dráhy.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Úloha tumor supresorových génov a komponentov endoplazmatického retikula v hormonálne regulovanej programovej bunkovej smrti.
Školiteľ: RNDr. Robert Farkaš, CSc.
Email: ueenfark@savba.sk
Kľúčové slová: Apokrinná sekrécia, intracelulárny transport, mechanizmus externalizácie, genetický skríning, proteín-proteínové interakcie
Anotácia: Apokrinná sekrécia patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy zatiaľ nepoznáme žiadne proteíny resp. gény, ktoré regulujú tento proces. Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov, a preto nesie evolučne dôležité signatúrne znaky charakterizujúce túto veľkú systematickú skupinu. Z praktického hľadiska, poruchy apokrinnej sekrécie resp. apokrinných žliaz sú spojené s radom chronických diagnóz a nádorových ochorení. Cieľom nášho výskumu je identifikovať tieto molekulárne determinanty a odhaliť komponenty apokrinnej signálnej dráhy.
Ciele: Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov. Patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy. Cieľom výskumu je identifikovať molekulárne determinanty (gény a proteíny) kontrolujúce proces apokrinnej sekrécie a odhaliť komponenty tejto novej a zatiaľ neznámej signálnej dráhy.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Štúdium EMT-asociovaných epigenetických zmien v progresii onkologických ochorení.
Školiteľ: RNDr. Soňa Čierniková, PhD.
Email: sona.ciernikova@savba.sk
Kľúčové slová: Epiteliálno-mezenchymálny prechod (EMT), epigenetická regulácia
Anotácia: Epigenetická regulácia je obzvlášť dôležitá v procesoch reverzibility zmien asociovaných s epiteliálno-mezenchymálnym prechodom (EMT) a schopnosti nádorových buniek reagovať na rôzne vonkajšie a vnútorné podnety. Vedecké ciele zahŕňajú identifikáciu zmien v metylácii DNA, expresii vybraných miRNA, ktoré súvisia s indukciou EMT a sledovanie ich podielu na zvýšení metastatického potenciálu nádorových buniek.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Hodnotenie/analýza prírodných látok a analógov pripravených na ich báze v rôznych experimentálnych cell-free systémoch a na ľudských bunkách kultivovaných in vitro.
Školiteľ: Mgr. Eva Horváthová, PhD.
Email: Eva.Horvathova@savba.sk
Kľúčové slová: Prírodné látky, syntetizované analógy, antioxidačná aktivita, cytotoxicita, genotoxicita, protektivita
Anotácia: Štúdium protektívnych účinkov prírodných látok a analógov pripravených na ich báze má veľký význam, pretože sa často využívajú pri ochrane zdravia a prevencii mnohých civilizačných ochorení. V rámci navrhovanej témy plánujeme nasyntetizovať analógy chemickými alebo menej tradičnými enzymatickými postupmi, cell-free metódami určiť ich antioxidačnú kapacitu a v systéme cicavčích buniek a plazmidovej DNA zistiť ich protektívny potenciál voči poškodeniam indukovaným modelovými mutagénmi a karcinogénmi. Na základe získaných výsledkov navrhneme mechanizmy, akými by mohli študované látky pôsobiť.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Štúdium etiológie diabetu u detí.
Školiteľ: RNDr. Martina Škopková, PhD.
Email: martina.skopkova@savba.sk
Kľúčové slová: Monogénový diabetes, genetické riziko, sekvenovanie novej generácie, diagnostika
Anotácia: Väčšina prípadov diabetu (DM) u detí sa považuje za DM 1. typu, ktorý má autoimunitnú etiológiu. U detí sa však manifestujú aj iné typy diabetu, ktoré sú podmienené monogénovo a umožňujú personalizovanú liečbu. Ciele: v biobanke detí s DM stanoviť skóre genetického rizika DM 1. typu (NGS analýza panelu polymorfizmov) a v závislosti od neho vyčleniť skupinu s podozrením na monogénový diabetes. U tejto skupiny sa bude hľadať genetická etiológia analýzou génov spôsobujúcich monogénový diabetes (klasické a NGS sekvenovanie), ako aj aj pátranie po nových génoch (WES, WGS, RNA-seq,…) a funkčná charakterizácia nových variantov.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Modelovanie interakcií nádoru a strómy u karcinómu prsníka a objasnenie ich vplyvu na progresiu a rezistenciu nádoru.
Školiteľ: Mgr. Svetlana Miklíková, PhD.
Email: svetlana.miklikova@savba.sk
Kľúčové slová: Karcinóm prsníka, mikroprostredie, rezistencia, PDX modely
Anotácia: Karcinóm prsníka predstavuje jednu z najčastejších onkologických diagnóz u žien. Napriek jej dobrej klasifikácii do jednotlivých molekulárnych subtypov, iba obmedzená časť pacientov dobre reaguje na zvolenú terapiu. Pochopenie komplexných dynamických dejov v rámci nádorového mikroprostredia je potrebné pre identifikáciu pacientov, ktorí budú alebo nebudú na zvolenú terapiu odpovedať. Úlohou tohto projektu preto bude integrácia dát z rozličných modelových systémov, klinických štúdií a molekulárnych analýz s cieľom identifikácie kľúčových mechanizmov nádorovej progresie a vzniku rezistencie.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: externá
Názov práce: 4D organizácia transkripcie DNA v jadrách kvasiniek.
Školiteľ: RNDr. Daniela Gašperíková, DrSc.
Email: daniela.gasperikova@savba.sk
Kľúčové slová: 4D, DNA transkripcia, kvasinky, bunkové jadro, jadrový pór, redox cyklus, varianty
Anotácia: Cieľom doktorandskej práce je študovať 4D priestorovú a časovú organizáciu bunkového jadra kvasiniek z hľadiska transkripcie génov. Transkripcie ribozomálnych a glykolytických génov sú často ko-lokalizované na komplex jadrového póru (NPC). Hypotézou je, že lokalizácia aktívne transkriptovaných génov na NPC prebieha v rámci redukčno-oxidačného cyklu so zvýšeným počtom variantov počas oxidačného cyklu. Potvrdenie tejto hypotézy by mohlo vysvetliť ne-náhodné variácie DNA v rámci celého genómu, ktoré majú vplyv na ľudské zdravie a choroby, a mohlo by pomôcť pochopiť aj vznik dedičných chorôb a rakoviny.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná + externá
Názov práce: DNA analýza sporadických foriem senzorineurálnej hluchoty metódou sekvenovania novej generácie.
Školiteľ: MUDr. RNDr. Lukáš Varga, PhD.
Email: varga.lukas@gmail.com
Kľúčové slová: Senzorineurálna porucha sluchu, genetika, DNA banka, NGS
Anotácia: Senzorineurálna porucha sluchu je najčastejšou a geneticky najheterogénnejšou poruchou zmyslových orgánov človeka. Sporadické formy tvoria približne 70 % všetkých prípadov a ich etiológia ostáva vo veľkej miere neobjasnená. Cieľom práce je identifikácia genetických príčin porúch sluchu u týchto pacientov pomocou metódy celoexómového sekvenovania. Pre naplnenie cieľov projektu sa bude vychádzať z už existujúcej DNA banky senzorineurálnej hluchoty, ktorá v súčasnosti obsahuje biologický materiál od viac ako 1 400 jedincov a je priebežne dopĺňaná. V prípade neznámych/nových génových variantov sa budú realizovať relevantné funkčné štúdie na potvrdenie patogencity identifikovaného variantu.

Študijný program: genetika
Forma štúdia: denná
Názov práce: Nové prístupy v terapii gastrointestinálnych nádorov pomocou cieleného knock – out kľúčových génov.
Školiteľ: RNDr. Zuzana Kozovská, PhD.
Email: zuzana.kozovska@savba.sk
Kľúčové slová: Gastrointestinálne nádory, PDX, nádorové kmeňové bunky
Anotácia: Slovensko je jednou z krajín s najvyšším výskytom gastrointestinálnych nádorov, medzi ktoré patrí najmä adenokarcinóm pankreasu, pre ktorého liečbu je potrebný vývoj nových terapeutických prístupov. Vytvorenie xenoimplantátov odvodených od pacienta (PDX), alebo použitie organoidov predstavuje významný nástroj pre translačný výskum. Takéto modely umožnia podrobnú charakterizáciu gastrointestinálnych nádorov. Hlavným cieľom tejto práce je vývoj nových in vitro a in vivo modelov a aplikácia metód editovania génov napr. CRISPR/Cas9, siRNA alebo shRNA na identifikáciu génovo-špecifických nádorových zmien. Tieto „kľúčové“ gény budú potenciálnymi cieľmi liečby, pretože ich vyradenie by mohlo viesť k zníženému prežívaniu agresívnych nádorových buniek.

Študijný program: mikrobiológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Interakcia hostiteľských buniek s Coxiella burnetii: identifikácia a nových terapeutických a diagnostických cieľových molekúl.
Školiteľ: Ing. Ľudovít Škultéty, DrSc.
Email: Viruludo@savba.sk
Kľúčové slová: Coxiella; efektorové proteíny a malé molekuly, liečba, diagnostika
Anotácia: Coxiella burnetii je intracelulárny bakteriálny patogén spôsobujúci infekcie ľudí, ktoré sú významné nielen z klinického pohľadu, ale aj z hľadiska verejného zdravia. Tak ako mnoho iných bakteriálnych patogénov, aj Coxiella využíva špecializované sekréčne systémy na manipuláciu s eukaryotickými hostiteľskými bunkami, a to injekciou efektorov (proteínov bakteriálnej virulencie a malých molekúl). Súčasné poznatky ako tieto patogény spôsobujú infekciu sú však veľmi obmedzené. Hlavným výskumným zámerom tohto projektu preto je objasniť funkcie efektorových proteínov a malých molekúl produkovaných s Coxiella burnetii. Medzi konkrétne ciele projektu patria: 1) popis signálnych dráh hostiteľských buniek, na ktoré sú efektory Coxiella burnetii zamerané; 2) charakterizácia molekulárneho a bunkového spôsobu účinku týchto efektorov a 3) korelácia spôsobu účinku efektorov s ich sekvenčnou variabilitou, či expresiou v rôznych kmeňoch. Očakávané výsledky preto s vysokou pravdepodobnosťou povedú k objaveniu nových terapeutických prístupov, či cieľových molekúl vhodných pre vývoj liečiva alebo napomôžu pri navrhu modernej vakcíny, či diagnostických nástrojov. Predovšetkým tie hostiteľské signálne dráhy, ktoré sú ovplyvnené jednym (alebo viacerými) efektorom (efektormi), budú sľubnými kandidátmi na nové terapeutické ciele. Získané poznatky by mohli tiež viesť k identifikácii inhibítorov, ktoré sú priamo cielené na efektory patogénu a napomôcť tak k vývoju špecifických liečiv, ktoré môžu zablokovať sekréčny systém patogénu.

Študijný program: mikrobiológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Úloha faktorov virulencie vírusu kliešťovej encefalitídy v prenose kliešťami.
Školiteľ: RNDr. Juraj Koči, PhD.
Email: virukoci@savba.sk
Kľúčové slová: Vírus kliešťovej encefalitídy, kliešť, Ixodes ricinus, proteín E, reverzná genetika, prenos
Anotácia: Vírus kliešťovej encefalitídy (TBEV) spôsobuje jedno z najzávažnejších neurodegeneratívnych ochorení prenášaných kliešťami. Doterajšie štúdie patogenézy ochorenia sú však prevažne zamerané na hostiteľa a existuje iba veľmi málo informácii o interakciách medzi vírusom a jeho prenášačom, ktoré sú integrálnou súčasťou cirkulácie vírusu v prírode. Tento projekt je preto zameraný na analýzu interakcií kmeňa TBEV Hypr a kliešťa Ixodes ricinus. Budú vyvinuté fluorescenčne značené rekombinantné vírusy s modifikovanou doménou proteínu E pomocou ISA metódy, novo etablovanej techniky reverznej genetiky. Dynamika prenosu a interakcie rekombinantných vírusov a kliešťov budú testované v kliešťoch cicajúcich in vitro. Získané výsledky a nástroje prinesú cenné informácie o úlohe vírusových faktorov virulencie pri infekcii, diseminácii a prenose TBEV kliešťami a zároveň môžu zásadne obohatiť výskum iných kliešťami prenášaných vírusov.

Študijný program: mikrobiológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Molekulárne analýzy prieniku vektormi prenášaných vnútrobunkových baktérií do buniek a ich vplyv na cieľové bunky.
Školiteľ: RNDr. Zuzana Sekeyová, PhD.
Email: viruseke@savba.sk
Kľúčové slová: Rickettsiae, Coxiella burnetii, biomarkery, detekcia
Anotácia: Vnútrobunkové baktérie sú stálou studnicou vedeckých prekvapení. Ich pôsobenie, prienik do cieľových buniek, množenie a následný biorytmus infikovaných buniek boli a sú neustále študované, sú čiastočne popísané, avšak nie sú kompletne objasnené ani pochopené. Dnešné metódy, založené na modernom prístrojovom vybavení, umožňujú cielený uhoľ pohľadu na reťazovú reakciu zmien, ktoré nastávajú po infekcii na molekulárnej úrovni. Otvárajú nám nové horizonty poznania.
Cieľom práce bude pomocou najmodernejších detekčných metód odhaliť konkrétne údaje o biologickej aktivite a funkcii jednotlivých bakteriálnych (rickettsií, Coxiella burnetii) a bunkových (hostiteľských) štruktúr; t. j. vytvoriť súčasný obraz o „patologických mutáciách“ stavebných jednotiek (nukleových kyselín a proteínov) oboch aktérov, tak infekčného ako i infikovaného organizmu.

Študijný program: molekulárna biológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Príprava perorálnych antivírusových vakcín tranzientnou expresiou antigénov v rastlinách.
Školiteľ: RNDr. Zdeno Šubr, CSc.
Email: zdeno.subr@savba.sk
Kľúčové slová: Vírus chrípky, hemaglutinín, agroinfekcia, vakcína
Anotácia: Práca je zameraná na modifikáciu a aplikáciu vektora na báze vírusu šarky slivky pre tranzientnú expresiu vírusových antigénov, predovšetkým konzervatívnych imunogénnych fragmentov hemaglutinínu vírusu chrípky A po agroinfekcii rôznych rastlinných systémov. Použité budú dva typy vektora – jednak pre produkciu voľného polypeptidu, jednak pre prezentáciu epitopov na povrchu vírusu podobných častíc. Cieľom je pripraviť rastliny využiteľné potenciálne na imunizáciu hydiny ich skrmovaním, prípadne na purifikáciu antigénu pre produkciu štandardnej vakcíny.

Študijný program: molekulárna biológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Identifikácia génov regulujúcich apokrinnú sekréciu.
Školiteľ: RNDr. Robert Farkaš, CSc.
Email: ueenfark@savba.sk
Kľúčové slová: Apokrinná sekrécia, intracelulárny transport, mechanizmus externalizácie, genetický skríning, proteín-proteínové interakcie
Anotácia: Apokrinná sekrécia patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy zatiaľ nepoznáme žiadne proteíny resp. gény, ktoré regulujú tento proces. Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov, a preto nesie evolučne dôležité signatúrne znaky charakterizujúce túto veľkú systematickú skupinu. Z praktického hľadiska, poruchy apokrinnej sekrécie resp. apokrinných žliaz sú spojené s radom chronických diagnóz a nádorových ochorení. Cieľom nášho výskumu je identifikovať tieto molekulárne determinanty a odhaliť komponenty apokrinnej signálnej dráhy.
Ciele: Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov. Patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy. Cieľom výskumu je identifikovať molekulárne determinanty (gény a proteíny) kontrolujúce proces apokrinnej sekrécie a odhaliť komponenty tejto novej a zatiaľ neznámej signálnej dráhy.

Študijný program: molekulárna biológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Úloha tumor supresorových génov a komponentov endoplazmatického retikula v hormonálne regulovanej programovej bunkovej smrti.
Školiteľ: RNDr. Robert Farkaš, CSc.
Email: ueenfark@savba.sk
Kľúčové slová: Apokrinná sekrécia, intracelulárny transport, mechanizmus externalizácie, genetický skríning, proteín-proteínové interakcie
Anotácia: Apokrinná sekrécia patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy zatiaľ nepoznáme žiadne proteíny resp. gény, ktoré regulujú tento proces. Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov, a preto nesie evolučne dôležité signatúrne znaky charakterizujúce túto veľkú systematickú skupinu. Z praktického hľadiska, poruchy apokrinnej sekrécie resp. apokrinných žliaz sú spojené s radom chronických diagnóz a nádorových ochorení. Cieľom nášho výskumu je identifikovať tieto molekulárne determinanty a odhaliť komponenty apokrinnej signálnej dráhy.
Ciele: Apokrinná sekrécia je od Golgiho aparátu nezávislý nevezikulárny transportný a sekretorický mechanizmus vyskytujúci sa výlučne u metazoálnych eukaryontov. Patrí medzi málo charakterizované tzv. nekanonické typy sekrécie a na rozdiel od známej a dobre preštudovanej exocytózy. Cieľom výskumu je identifikovať molekulárne determinanty (gény a proteíny) kontrolujúce proces apokrinnej sekrécie a odhaliť komponenty tejto novej a zatiaľ neznámej signálnej dráhy.

Študijný program: molekulárna biológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Interakcia medzi adipocytmi a nádorovými bunkami v kontexte nádorovej progresie.
Školiteľ: RNDr. Martina Takáčová, PhD.
Email: martina.takacova@savba.sk
Kľúčové slová: Karbonická anhydráza IX, hypoxia, obezita, adipokíny, nádorové mikroprostredie
Anotácia: Obezita sa radí medzi hlavné problémy verejného zdravotníctva, nakoľko zvyšuje riziko viacerých závažných ochorení vrátane rakoviny. Asociácia medzi obezitou a nádorovými ochoreniami je komplexná a prebieha buď priamo na úrovni buniek, alebo nepriamo na úrovni ovplyvnenia nádorového mikroprostredia. Jedným z predpokladaných mechanizmov zvyšujúcich riziko spoločného spolupôsobenia je sekrécia adipokínov sprostredkovaná adipocytmi. Adipokíny, pôsobiace lokálne alebo systémovo, hrajú významnú úlohu pri raste, lokálnej invázii, metastatickom šírení a rezistencii na terapiu rôznych typov nádorov. Preto je veľký záujem o pochopenie molekulárnych mechanizmov, ktorými sa adipocyty podieľajú na karcinogenéze. Cieľom projektu bude skúmať vplyv adipokínov na biologické vlastnosti nádorových buniek vystavených podmienkam hypoxie a/alebo acidózy. Zameriame sa na karbonickú anhydrázu IX, ktorá patrí medzi najznámejšie markery nádorovej hypoxie a ktorej expresia koreluje so zlou prognózou a rezistenciou na terapiu.

Študijný program: molekulárna biológia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Identifikácia a validácia biomarkerov nádorových ochorení a ich využitie v personalizovanej medicíne.
Školiteľ: Mgr. Andrea Šoltýsová, PhD.
Email: andrea.soltysova@gmail.com
Kľúčové slová: Biomarkery, metylácie, transkriptomika
Anotácia: Práca je zameraná na identifikáciu, charakterizáciu potenciálnych biomarkerov využiteľných v personalizovanom prístupe v diagnostike a terapii nádorových ochorení. Identifikované biomarkery budú validované s potenciálom využitia v klinickej medicíne.


Fakulta chemickej a potravinárskej technológie Slovenskej technickej univerzity v Bratislave

Termín na podávanie prihlášok: do 15. 6. 2020

Viac informácií o prijímacom konaní na stránke fakulty tu.

Študijný program: biochémia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Štúdium molekulárneho mechanizmu spontánnej regresie nádorov: Vývoj prognostického nástroja.
Školiteľ: Ing. Ľudovít Škultéty, DrSc.
Email: Viruludo@savba.sk
Kľúčové slová: Hmotnostná spektrometria, proteomika, malé molekuly, diagnostika, laterálny tok
Anotácia: Spontánna regresia nádorov je fenomén, ktorý bol zaznamenaný prakticky u všetkých typov ľudských malignít. Nedávno náš tím pozoroval túto protinádorovú aktivitu po vysokodávkovej terapii a transplantácii autológnych kmeňových buniek u pacientov s Hodgkinovou chorobou, mnohopočetným myelómom a niektorými inými malignitami Tá môže súvisieť so syndrómom aplastickej anémie a prebiehajúcej pancytopénie, pravdepodobne vyvolanej autoimunitnou odpoveďou pacienta aj voči hematopoetickým kmeňovým bunkám. Aby sme pochopili procesy, ktoré prebiehajú in vivo, musíme detegovať, identifikovať a štruktúrne charakterizovať klinicky významné molekuly, ktoré sa podieľajú na ničení nádorových buniek alebo nádoru ako celku. Uskutočníme preto systematickú porovnávaciu proteomickú analýzu kontrolných a ovplyvnených nádorových buniek. Získané údaje umožnia odhaliť esenciálne molekuly pravdepodobne zodpovedné za indukciu regresie nádorového ochorenia a rozpoznať prognostické markery vhodné na monitorovanie progresie ochorenia. Tieto poznatky povedú nielen k hlbšiemu pochopeniu tohto javu na molekulárnej úrovni, ale v kombinácii s novými informáciami získanými zo štúdií proteín-proteínových interakcií za využitia pokročilých proteomických postupov, prispejú k budúcej cielenej liečbe istých malignít a dizajnu cenného diagnostického nástroja na monitorovanie stavu ochorenia.

Študijný program: biochémia
Forma štúdia: denná
Názov práce: Charakterizácia G-patch proteínov kvasinky S. pombe.
Školiteľ: Ing. Ľuboš Čipák, PhD.
Email: lubos.cipak@savba.sk
Kľúčové slová: G-patch proteíny; zostrih pre-mRNA; izolácia proteínov; RNA helikázy
Anotácia: RNA helikázy sú zúčastnené na väčšine procesov metabolizmu RNA. Predpokladá sa, že funkcia RNA helikáz je regulovaná aj proteínmi obsahujúcimi doménu bohatú na glycín, tzv. „G-patch“ doménu. Napriek poznatkom, že proteíny s „G-patch“ doménou zvyšujú aktivitu RHA helikáz, ich úloha pri regulácii RNA helikáz ostáva stále neobjasnená. Cieľom dizertačnej práce bude detailne charakterizovať funkciu známych, ako aj novoidentifikovaných „G-patch“ proteínov kvasinky S. pombe a popísať ich interakcie a funkcie pri regulácii RHA helikáz.


Prírodovedecká fakulta Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach

Termín na podávanie prihlášok: do 30. 6. 2020

Viac informácií o prijímacom konaní na stránke fakulty tu.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Analýza biomarkerov aktivujúcich neuroprotektívny mechanizmus aplikovaný v procese cievnej mozgovej príhody
Školiteľ: RNDr. Rastislav Mucha, PhD.
Email: mucha@saske.sk
Kľúčové slová: Ischémia, neuroprotektivita, kondicioning, expresia génov
Anotácia: Je známe, že u mozgových bunkiek je možné navodiť toleranciu voči ischemickému inzultu formou kondiciovania (pred- alebo post-ischemického) počas určitého časového okna po ischémii. Krvná plazma špecificky reflektuje proteínové zloženie samotnej krvi a preto je vhodným objektom proteomických analýz, nakoľko sa následky ischémie rýchlo prejavia v jej zložení, resp. expresii génov.
Cieľmi sú:
Identifikácia zmien expresie proteínov a ich lokalizácia v reakčných dráhach mechanizmov neuroprotektivity po navodení ischémie pomocou molekulárno-biologických a in silico metód.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Štúdium možností funkčnej obnovy poškodených nervových dráh u laboratórneho potkana
Školiteľ: RNDr. Ján Gálik, CSc.
Email: galik@saske.sk
Kľúčové slová: traumatické poškodenie, nervové dráhy, elektrofyziológia, elektrická stimulácia, prerastanie axónov
Anotácia: Navrhovaná téma doktorandského štúdia zahŕňa:
– Štúdium mechanizmov a modelov traumatického poškodenia miechy a periférneho nervu.
– Osvojenie si princípov a metód elektrofyziologického snímania.
– Funkčnú diagnostiku stavu poškodených nervových dráh.
– Terapiu založenú na aplikácii, alebo kombinácii metód elektrickej stimulácie, cvičenia a podpornej farmakologickej liečby.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Aktivácia endogénnych mechanizmov v ischemickej tolerancii
Školiteľ: RNDr. Petra Bonová, PhD.
Email: bonova@saske.sk
Kľúčové slová: Mozgová ischémia, ischemická tolerancia, kondicionovanie
Anotácia: Mozgová ischémia predstavuje v súčasnosti vážny sociálno-ekonomický problém s limitovanými možnosťami liečby. Posledné desaťročia sa v experimentálnej praxi stáva atraktívnym riešením prevencie a liečby takýchto stavov fenomén ischemickej tolerancie.
Ciele práce:
1. Štúdium mechanizmov ischemickej tolerancie
2. Definovanie úlohy periférnych krvných buniek v navodení ischemickej tolerancie
3. Testovanie spôsobov in vivo a ex vivo kondicionovania
4. Využitie modelov kondicionovania v animálnych modeloch ischemicko-reperfúzneho poškodenia nervového tkaniva

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Regulácia postnatálnej neurogenézy
Školiteľ: RNDr. Marcela Martončíková, PhD.
Email: martoncikova@saske.sk
Kľúčové slová: postnatálna neurogenéza, rotrálna migračná dráha, migrácia buniek, proliferácia, potkan
Anotácia: Tvorba nových neurónov z kmeňových buniek v mozgu dospelých cicavcov (postnatálna neurogenéza) je fenomén, ktorý priťahuje pozornosť neurovedcov vzhľadom na perspektívu ich využitia v regeneratívnej medicíne. Najväčšou neurogénnou oblasťou v dospelom mozgu je subventrikulárna zóna bočných mozgových komôr. Jej špecifikom je, že bunky v nej vznikajúce putujú na dlhé vzdialenosti tzv. rostrálnou migračnou dráhou do bulbus olfactorius, ktorý predstavuje ich cieľovú štruktúru. Za patologických podmienok sú tieto bunky schopné vyputovať smerom k postihnutej oblasti mozgu. Poznať mechanizmy regulujúce neurogenézu je nevyhnutné pre jej prípadné terapeutické využitie. Cieľom dizertačnej práce bude skúmať mechanizmy regulujúce migráciu buniek v rostrálnej migračnej dráhe potkana na základe histologických metód a tiež pomocou in vitro metód.

Študijný program: fyziológia živočíchov
Forma štúdia: denná
Názov práce: Skúmanie neurónových populácií v neurogénnej oblasti čuchového systému
Školiteľ: RNDr. Enikö Račeková, CSc.
Email: racekova@saske.sk
Kľúčové slová: postnatálna neurogenéza, čuchový systém, neuronálna regulácia, potkan
Anotácia: Čuchový systém hlodavcov je denne zásobovaný tisíckami novovzniknutých neuroblastov, ktoré vznikajú v subventrikulárnej zóne (SVZ). Neuroblasty SVZ migrujú cez rostrálnu migračnú dráhu (RMS) do bulbus olfactorius, kde sa diferencujú na funkčné interneuróny. Najnovšie poznatky poukazujú na to, že neurogenéza v SVZ/RMS by mohla byť regulovaná neurónmi nachádzajúcimi sa priamo v neurogénnej oblasti. Vychádzajúc z nášho pozorovania, ktoré demonštruje prítomnosť zrelých neurónov produkujúcich oxid dusnatý v RMS potkana, cieľom dizertačnej práce bude identifikácia prepojenia týchto neurónov s inými mozgovými štruktúrami na základe rôznych značkovacích metód a rekonštrukčných stratégií a skúmanie ich vzťahu k špecificky usporiadným krvným cievam RMS.